El Instituto Superior de Engenharia fue fundado en 1852, en el tiempo del ministro de las obras Públicas, del comercio y de la Industria Fontes Pereira de Melo, que lanzó el primer sistema público de enseñanza industrial, asiente en la idea de educación para el desarrollo, dónde la matriz del ISEP, la Escola Industrial do Porto fue una de las dos primeras.
En 1974, a través del decreto-ley 830/74 de 31 de Diciembre se convertirán los Institutos Industriales en Institutos Superiores de Enseñanza y en 1989 el Instituto Superior de Engenharia do Porto es integrado en el subsistema de Enseñanza Superior Politécnico.
En 2006, por en virtud de la adhesión de Portugal a la à Declaración de Bolonha, el ISEP ofrece un nuevo Plano de Estudios, constituido por bachelor y masters en las diversas áreas de la Ingeniería, así iniciando un nuevo ciclo da su ya longa historia.